Le réservoir de Chazilly et la gravière de Saint-Denis-lès-Bourg présentent de loin les plus fortes concentrations observées en ammonium en 2023 dans les eaux de fond (2.9 mg(NH4)/l mesurés sur la campagne du 11 septembre du réservoir de Chazilly et 2.6 mg(NH4)/l mesurés sur la campagne du 26 septembre de la gravière de Saint-Denis-lès-Bourg). Ces plans d'eau font partie de ceux présentant les niveaux de désoxygénation les plus marqués des plans d'eau suivis en 2023. La retenue de Devesset (0.63 mg(NH4)/l) et le lac des Rousses (0.98 mg(NH4)/l) montrent également des concentrations élevées pour ce paramètres dans leurs eaux profondes. Il convient de remarquer que la retenue de Villeneuve-de-la-Raho ressort également de cette analyse avec une concentration atteignant 1.3 mg(NH4)/l lors de la campagne du 3 octobre, aussi bien sur l'échantillon de fond que sur l'échantillon intégré de zone euphotique. Sur ce plan d'eau, la désoxygénation des eaux profondes est également importante sur certaines campagnes mais l'absence de stratification thermique durable ne permet pas le calcul de l'indicateur de désoxygénation, ce qui explique qu'il ne ressort pas dans le tableau présentant le déficit en oxygène surface/fond des plans d'eau.
L'ammoniac, surtout sous sa forme non ionisée (NH3), est très toxique pour l'ichtyofaune. La proportion des formes ionisées (NH4) et non ionisées (NH3) dépend de nombreux facteurs, dont la concentration en oxygène dissous, le pH et la température. Ainsi à un pH supérieur à 8-8,5, la forme non ionisée devient prépondérante, de même qu'à des températures élevées. L'altération de la qualité physico-chimique de l'hypolimnion peut ainsi conduire à réduire de manière importante le volume utile à la vie piscicole et entraîner une dégradation du peuplement, les espèces les plus exigeantes ne trouvant plus les conditions propices à leur survie.
Ces traitements ont pris en compte une valeur égale à la limite de quantification divisée par 2 lorsque le paramètre recherché n'était pas quantifié.