Les retenues de Figari et de Codole présentent les plus fortes concentrations observées en ammonium en 2024 dans les eaux de fond (respectivement 1.22 mg(NH4)/l mesuré sur la campagne du 3 octobre et 1.3 mg(NH4)/l mesuré sur la campagne du 4 juillet). La retenue de Codole étant destratifiée sur la dernière campagne annuelle (octobre) cela explique que les résultats les plus critiques mesurés sur ce plan d'eau soient obtenus sur la campagne précédente (lorsque le lac est encore stratifié) et non pas sur la dernière campagne annuelle, contrairement à Figari. Les lacs d'Ilay (0.65 mg(NH4)/l) et de Petichet (0.62 mg(NH4)/l), de même que la retenue de Laprade-Basse (0.88 mg(NH4)/l) montrent également des concentrations élevées pour ce paramètre dans leurs eaux profondes. Hormis Laparde-Basse, tous ces plans d'eau font partie de ceux présentant les niveaux de désoxygénation les plus marqués des plans d'eau suivis en 2024. A noter que la valeur indiquée pour Petichet est probablement sous-évaluée, celle-ci correspondant à la mesure réalisée sur la troisième campagne annuelle (24 juillet), aucun résultat n'étant disponible sur la campagne de septembre (problème analytique) où les conditions étaient encore plus critiques pour le milieu aquatique.
L'ammoniac, surtout sous sa forme non ionisée (NH3), est très toxique pour l'ichtyofaune. La proportion des formes ionisées (NH4) et non ionisées (NH3) dépend de nombreux facteurs, dont la concentration en oxygène dissous, le pH et la température. Ainsi à un pH supérieur à 8-8,5, la forme non ionisée devient prépondérante, de même qu'à des températures élevées. L'altération de la qualité physico-chimique de l'hypolimnion peut ainsi conduire à réduire de manière importante le volume utile à la vie piscicole et entraîner une dégradation du peuplement, les espèces les plus exigeantes ne trouvant plus les conditions propices à leur survie.
Ces traitements ont pris en compte une valeur égale à la limite de quantification divisée par 2 lorsque le paramètre recherché n'était pas quantifié.