1. L'état des plans d'eau 
1.2. L'état écologique¶
L'état ou le potentiel écologique est déterminé par l'agrégation des éléments de qualité biologiques et physico-chimiques (éléments de qualité physico-chimiques généraux et polluants spécifiques de l'état écologique). L'élément de qualité Hydromorphologie, intervenant pour évaluer le très bon état des lacs naturels, n'est pas pris en compte dans l'attente du développement d'indicateurs spécifiques. L'état des éléments de qualité biologiques est déterminant dans l'attribution de l'état écologique des plans d'eau. Ainsi, les éléments de qualité physico-chimiques ne peuvent pas déclasser l'état écologique en deçà d'un état moyen, contrairement aux éléments de qualité biologiques qui peuvent conduire à un état écologique médiocre à mauvais dans le cas de milieux très altérés par rapport aux conditions de référence.
L'évaluation du potentiel écologique ne concerne que les plans d'eau d'origine anthropique (masses d'eau fortement modifiées MEFM et masses d'eau artificielles MEA). Elle ne prend en compte, pour l'instant, que l'élément de qualité Phytoplancton parmi les éléments biologiques. Le potentiel écologique des plans d'eau d'origine anthropique a été déterminé en considérant que les pressions hydromorphologiques hors contraintes techniques obligatoires (CTO) étaient nulles à faibles pour l'ensemble des plans d'eau.
Les règles d'évaluation de l'état écologique ici appliquées reposent sur la seule prise en compte des données 2019 (ou année antérieure la plus récente disposant de données pour l'élément de qualité "Poissons") afin de pouvoir présenter un état basé uniquement sur les données acquises sur cette année de suivi. Cette évaluation ne respecte donc pas strictement les règles de l’arrêté du 17 octobre 2018 relatif aux méthodes et critères d’évaluation de l’état écologique, de l’état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface, prenant en compte les 6 années consécutives les plus récentes.
Agrégation des éléments de qualité biologiques et physico-chimiques et détermination de l'état (potentiel) écologique
Dpt : département.
Type : type de plan d'eau (NAT = naturel / ANTH = anthropique).
Etat PCH G : état des éléments physico-chimiques généraux (agrégation des éléments de qualité "concentration en nutriments NUTR" et "transparence TRANS").
Etat PSEE : état des polluants spécifiques de l'état écologique. 17 substances prises en compte : 4 métaux (arsenic, chrome, cuivre et zinc) et 13 polluants synthétiques, dont 12 pesticides. L'état affiché prend en compte les fonds géochimiques définis pour certains métaux, ainsi que leur biodisponibilité. Seules deux classes d'état sont définies : BON/MOYEN.
Etat BIO : état des éléments biologiques (agrégation des éléments de qualité "phytoplancton IPLAC" et autres éléments pertinents : "macrophytes IBML", "poissons IIL"). L'élément de qualité ichtyofaune n'étant pas nécessairement suivi la même année que les autres éléments de qualité (suivi Office Français pour la Biodiversité), le résultat de la dernière année connue, qualifiée de correcte, est considéré pour le calcul de l'état écologique.
Etat/Pot ECO : état écologique des plans d'eau naturels / potentiel écologique des plans d'eau anthropiques.
Classes d'état : TB/B/MOY/MED/MAUV/ND (non déterminé).
Commentaire... : Assouplis. = Assouplissement de la règle du paramètre déclassant / Déclas. = élément de qualité déclassant ou paramètre déclassant.
Le tableau présente en termes de classes d'état les résultats acquis sur les 33 plans d'eau ayant fait l'objet d'un suivi annuel en 2019 (31 plans d'eau du programme de surveillance + 2 plans d'eau de référence). L'état/potentiel écologique n'est déterminable que sur 29 de ces plans d'eau, l'ensemble des éléments de qualité nécessaires à l'évaluation de l'état n'ayant pas été systématiquement suivi en application des règles de l'arrêté du 17 octobre 2018 modifiant l’arrêté du 25 janvier 2010 établissant le programme de surveillance de l’état des eaux.
De même, les polluants spécifiques de l'état écologique (PSEE) ne sont pas suivis sur les plans d'eau du contrôle opérationnel dont seule la pression hydrologique et/ou morphologie est à l'origine du risque de non atteinte des objectifs environnementaux.
Sur les 11 lacs naturels où un état écologique est calculable :
5 atteignent le bon à très bon état. Il s'agit des 2 lacs de "références" suivis en 2019 (tous deux localisés à plus de 2500m d'altitude : Eychauda dans le Parc National des Ecrins dans les Hautes-Alpes et Neuf-Couleurs dans les Alpes de Haute-Provence), du lac d'Allos situé dans le Parc National du Mercantour (plan d'eau RCS et de référence), ainsi que le lac du Bourget et le lac de l'Abbaye dans le Jura ;
3 lacs sont classés en état écologique moyen : les lacs de Chalain et de Pierre-Châtel, pour lesquels l'élément de qualité biologique poissons est alors seul responsable du déclassement observé, les autres éléments de qualité biologiques (phytoplancton, macrophytes) et physico-chimiques respectant le bon état, ainsi que le Léman, déclassé par les éléments de qualité biologiques poissons et phytoplancton ;
1 lac est classé en état écologique médiocre : le lac de Nantua, dans l'Ain, en raison de l'élément de qualité poissons. Cette évaluation paraît cependant un peu sévère pour ce plan d'eau. Une évaluation en état moyen paraît plus cohérente au regard des résultats des autres éléments de qualité physico-chimiques et biologiques et au regard de la sévèrité des seuils actuellement utilisés pour l'élément de qualité poissons (cf. explications dans la partie consacrée aux poissons).
2 lacs sont classés en mauvais état écologique : le lac de Chaillexon, localisé sur le cours amont du Doubs, en raison de l'élément de qualité poissons, et l'étang d'Entressen en raison de la dégradation importante du compartiment phytoplanctonique.
Sur les 18 plans d'eau d'origine anthropique suivis où un potentiel écologique est calculable :
15 affichent un bon potentiel écologique : Allement, Cize-Bolozon, Coiselet (tous 3 sur la rivière de l'Ain), Chambon, Eaux-Bleues, Sainte-Croix et Esparron (tous deux sur le Verdon), Lanoux, Puyvalador, Mont-Cenis, Roselend, Saint-Cassien, Serre-Ponçon et les deux retenues Corse de Tolla et Alesani ;
2 sont classés en potentiel écologique moyen : Charmines-Moux, en raison de la faible transparence de ses eaux (mais l'évaluation de l'élément de qualité biologique phytoplancton paraît surévaluée sur ce plan d'eau - cf. explications dans la partie consacrée au phytoplancton) et l'étang de Montaubry, déclassé à la fois par le compartiment phytoplanctonique mais également du fait d'une qualité physico-chimique des eaux très dégradée (nutriments, transparence et polluants spécifiques de l'état écologique : l'anoxie régnant en profondeur entraîne le relargagae de composés métalliques, dont l'arsenic, quantifié à 16 et 19 µg/l dans les échantillons d'eau de fond des deux dernières campagnes annuelles). L'élément de qualité biologique phytoplancton paraît également surévalué sur ce plan d'eau et aurait pu conduire à une évaluation plus sévère ;
1 plan d'eau est classé en potentiel écologique médiocre : la retenue du Châtelot. Ce classement résulte de l'altération du peuplement phytoplanctonique observé en fin de période estivale, aussi bien en termes de biomasse que de sensibilité des taxons rencontrés.