Le peuplement piscicole des plans d'eau est évalué au travers de l'Indice Ichtyofaune Lacustre (IIL). Cet indice multimétrique repose sur l'utilisation de certaines données acquises par échantillonnage à l'aide de filets maillants multimailles (NF EN 14757).
Cette méthode normalisée consiste à effectuer un échantillonnage aléatoire au sein de chacune des strates de profondeur du plan d'eau. Le nombre de filets à poser est fonction de la superficie du plan d'eau et de sa profondeur maximale (chaque filet maillant mesure 30 m de long, 1,5 m de profondeur pour les filets benthiques à généralement 6 m de profondeur pour les filets pélagiques et comporte 12 dimensions différentes de mailles). Les filets sont généralement mis en place avant le crépuscule (18-20 h) et relevés 2 à 3 h après le lever du soleil.
Les poissons capturés sont ensuite identifiés, dénombrés, mesurés et pesés. L'IIL utilise trois caractéristiques du peuplement piscicole (l'abondance totale, la biomasse totale et l'abondance d'individus omnivores).
Les valeurs observées de ces métriques sont ainsi comparées aux valeurs théoriques en l'absence d'eutrophisation. L'IIL rend ainsi compte de l'écart entre ces deux situations et du niveau d'altération du peuplement. Il ne s'applique qu'aux lacs naturels.
Les valeurs IIL disponibles pour les plans d'eau suivis en 2019
Indices calculés avec le SEEE (V1.0.3) et à partir des données fournies par l'INRAE</p>
L'IIL s'applique aux seuls plans d'eau naturels. Ainsi le tableau ci-dessus ne liste que les plans d'eau naturels où cet indice a pu être déterminé. L'ensemble des plans d'eau où l'élément de qualité ichtyofaune est pertinent (plans d'eau naturels et d'origine anthropique visés par l'arrêté "Surveillance") fait cependant l'objet d'un suivi piscicole.
Le suivi piscicole est réalisé par l'OFB. L'année d'échantillonnage piscicole est généralement calée sur le suivi des autres éléments de qualité mais il existe parfois un décalage entre ces suivis. Par ailleurs, la fréquence du suivi piscicole (tous les 6 ans) n'étant pas identique à celle des autres éléments de qualité en ce qui concerne les plans d'eau du contrôle opérationnel (suivis tous les 3 ans), tous les résultats ne sont donc pas nécessairement obtenus la même année de suivi. Le tableau ci-dessus reprend les résultats piscicoles disponibles pour les plans d'eau suivis en 2019 par l'agence de l'eau.
D'après les données les plus récentes à disposition, seuls les lacs de l'Abbaye (Très Bon Etat) et du Bourget (Bon Etat) atteignent au moins le bon état pour l'élément de qualité poisson.Le lac de Pierre-Châtel pourrait également rejoindre cette liste de plans d'eau puisque l'indice IIL interpreté selon les seuils ajustés suite à l'intercalibration européenne (seuils repris dans l'arrêté "Evaluation" de 2018) conduirait à classer ce plans d'eau en bon état piscicole. La chute d'abondance du gardon (poisson omnivore ubiquiste) semble être interprêtée par l'indice ichyofaune lacustre comme un signe d'amélioration de l'état du plan d'eau.
Un plan d'eau est classé en état moyen, il s'agit du Léman.
L'interprétation piscicole dressée par l'OFB à partir des données de pêches effectuées sur le secteur d'Amphion en 2016 concluait à des rendements de pêche en légère hausse par rapport au précédent suivi datant de 2010.
Cependant, les espèces sensibles ou caractéristiques de l'hypolimnion (omble, corégone, lotte) restent sous-représentées pour ce type de milieu.
L'étang d'Entressen est classé en état médiocre (donnée 2007) témoignant d'un état piscicole significativement altéré. L'interprétation piscicole établie par l'OFB met ainsi en avant le déséquilibre du peuplement piscicole, largement dominé par une espèce ubiquiste et peu exigente : la brème bordelière. Par ailleurs, malgré des alevinages conséquents en carnassiers, notamment en sandre, la proportion d'adultes prédateurs de cette espèce est limitée, exprimant de réelles difficultés de développement dans l'étang d'Entressen. A noter que les dernières pêches programmées sur ce plan d'eau (2013, 2016, 2019) n'ont pas pu être réalisées, l'autorisation n'ayant pas été accordée par le détenteur du droit de pêche pour les deux années les plus anciennes, et en raison de problèmes de bloom de cyanobactéries empêchant de réaliser les pêches sans rique sanitaire pour ce qui est du suivi 2019. Cela explique que les dernières données d'évaluation obtenues sur ce plan d'eau remontent à près de 15 ans.
Trois plans d'eau sont classés en mauvais état : le lac de Chaillexon, le lac de Chalain et le lac de Nantua.
Les résultats des pêches menées en 2013 sur le lac de Chaillexon exprimaient déjà un milieu beaucoup plus productif que ce qui était attendu pour ce type de plan d'eau.
L'abondance des proies potentielles était également très marquée (déficit de prédateur), soulignant le déséquilibre du peuplement piscicole. Cette valeur d'IIL paraissait cependant étonnante comparée à la classe d'état obtenue lors du suivi antérieur de 2007 (IIL en bon état) et plutôt sévère, par rapport aux résultats des autres éléments de qualité pris en compte pour établir l'état écologique (éléments de qualité physico-chimique et autres éléments de qualité biologiques : phytoplancton) qui classaient plutôt le plan d'eau en état moyen.
Un élément d'explication était recherché dans la période de pêche différente entre les deux suivis (début juillet en 2007 et début septembre en 2013) pouvant induire un biais important dans l'analyse des données, le peuplement n'étant potentiellement pas structuré de la même manière selon la période de réalisation des pêches.
Les résultats de pêche 2019, réalisés à la mi-septembre, viennent cependant confirmer les résultats acquis en 2013 avec de nouveau une mauvaise classe d'état attribuée au compartiment piscicole. Le rendement de pêche a presque doublé par rapport à 2013 en termes de nombre d'individus et a encore légèrement augmenté en termes de biomasse.
Le peuplement reste largement dominé par des espèces tolérantes (gardon, brème bordelière et commune), les espèces sensibles à la qualité du milieu (eau et habitat) étant soit absentes soit en abondance très déficitaire. Il peut être souligné ici que Chaillexon est le seul plan d'eau suivi en 2019 n'atteignant pas le bon état chimique, ce qui dénote tout de même une certaine altération de la qualité de l'eau, pouvant également impacter la capacité de ce plan d'eau à accueillir un peuplement piscicole de meilleure qualité.
Le classement en mauvais état piscicole du lac de Chalain en 2017 (et en état médiocre en 2011) pourrait s'expliquer par la forte proportion observée en juvéniles de perches, augmentant de manière importante la densité totale du peuplement et pouvant être interprété par l'indice IIL comme un déséquilibre du peuplement. Ces résultats sont alors peu comparables à ceux du précédent suivi de 2007 et doivent être considérés avec précaution. Ils sont donc pour l'instant qualifiés d'incertains et ne participent pas à l'évaluation de l'état écologique.
L'état mauvais du lac de Nantua paraît également sévère selon l'interprétation effectuée par l'OFB sur les résultats de pêche 2019. La très forte densité de perches constatée en 2019 (x10 en termes de rendement numérique exprimé en nombre d'individus par 1000 m2 de filets, par rapport aux précédents suivis de 2008 et 2013 / x2 en termes de rendements pondéraux exprimés en grammes par 1000m2 de filets, par rapport au suivi 2013), probablement le résultat de la succession de printemps favorables à la reproduction et d’hivers doux permettant une bonne survie des alevins de l’année, est sanctionnée par l'indice IIL. Cette dégradation apparente du compartiment piscicole du lac de Nantua devra être confirmée par de prochains suivis. Cette valeur est donc pour l'instant qualifiée d'incertaine et ne participe pas à l'évaluation de l'état écologique.
Plus globalement, ces résultats mettent aussi en avant une variabilité interannuelle de l'indice IIL qui peut être très importante (exemple : Abbaye passe de médiocre à très bon d'un suivi à l'autre / Chaillexon, Chalain, Nantua passent de bon à mauvais d'un suivi à l'autre, avec les seuils intercalibrés). Les résultats annuels sont donc à considérer avec précaution et pour une évaluation plus fiable de l'état écologique, la prise en compte de plusieurs années de suivis sur cet indicateur paraît d'autant plus nécessaire.