Actuellement, seuls deux éléments de qualité sont pris en compte dans l'évaluation de l'état des paramètres physico-chimiques généraux :
L'élément de qualité "concentration en nutriments" constitué des paramètres phosphore total (médiane), ammonium (max) et nitrates (max);
L'élément de qualité "transparence", composé d'un seul paramètre, la profondeur de disparition du disque de secchi.
Les valeurs seuils de classes d'état définies pour ces différents paramètres sont spécifiques à chaque plan d'eau et dépendent de la profondeur moyenne du plan d'eau.
L'évaluation des paramètres physico-chimiques en 2022 et lors des suivis antérieurs.
NO3 : nitrates
NH4 : ammonium
Ptot : phosphore total
Transp : transparence
Ex. Loc : exception locale
Le paramètre nitrates est en état moyen sur trois plans d'eau. Pour le lac Léman et le lac de Nantua, la classe d'état pour ce paramètre oscille entre le bon état et l'état moyen selon les années de suivi de ces deux plans d'eau. La retenue du Châtelot, située sur le cours amont du Doubs, en aval immédiat du lac de Chaillexon, affiche également une classe d'état moyen pour ce paramètre. Cette situation est récurrente pour ce dernier, l'ensemble des suivis antérieurs aboutissant au classement de ce paramètre en état moyen, voire médiocre.
Le paramètre ammonium n'atteint pas le bon ou très bon état pour seulement 2 plans d'eau où il est classé en état mauvais (Entressen) et moyen (Pierre-Châtel). L'étang d'Entressen a présenté une forte valeur maximale en ammonium lors du suivi 2022 (0.37 mg(NH4)/L), valeur assez inhabituelle pour ce plan d'eau selon la chronique de données. Les conditions hydroclimatiques de l'année 2022, année globalement très chaude et très sèche lors des 7 premiers mois de l'année sur ce secteur, ont entrainé un déficit d'alimentation en eau du plan d'eau conduisant à un marnage exceptionnel pour l'étang d'Entressen (près de 3 mètres) et un réchauffement important de la masse d'eau. Le prélèvement en cause a été réalisé début août, à la fin de cette période aux contraintes extrêmes sur le milieu aquatique. Dans cet étang très eutrophisé, ces conditions étaient propices à de forts développements phytoplanctoniques et ont conduit à une désoxygénation marquée de l'hypolimnion. L'ammonium provenant de la dégradation de la matière organique (sédimentation du phytoplancton sénescent) mais également du relargage sédimentaire du fait des conditions réductrices régnant en profondeur, s'accumule dans cette zone du plan d'eau et diffuse en partie dans la colonne d'eau du fait de la quasi absence de stratification thermique dans ce milieu peu profond de type étang. Ce phénomène est particulièrement notable lors de la campagne du mois d'août 2022 avec le marnage marqué du plan d'eau (4.3 mètres de profondeur maximale mesurée, températue de l'eau de 25°C en surface et 27°C en profondeur).
Le lac de Pierre-Châtel présente une classe d'état moyen pour ce paramètre. La valeur en cause provient de la campagne de prélèvement de septembre, faisant suite au brassage de la masse d'eau et à l'homogénéisation des concentrations en nutriments dans la colonne d'eau. L'ammonium, accumulé au sein de l'hypolimnion a ainsi déjà été redistribué dans la masse d'eau lors de cette campagne (Campagne août : 0.11 mg(NH4)/L en zone euphotique - 0.46 mg(NH4)/L au fond / Campagne septembre : 0.2 mg(NH4)/L en zone euphotique et au fond), légèrement trop tardive par rapport aux objectifs recherchés. Cette valeur peut donc être considérée comme sévère pour la qualification de ce paramètre sur ce plan d'eau. La règle d'assouplissement du paramètre déclassant a pu être appliquée sur le paramètre ammonium et l'élément de qualité Nutriments pour le lac de Pierre-Châtel, la concentration maximale en ammonium étant plus proche du seuil état moyen/état bon que du seuil état moyen/état médiocre et les autres éléments de qualité physico-chimiques, de même que les éléments biologiques, étant classés au moins en bon état pour ce plan d'eau.
Le paramètre phosphore total n'atteint pas le bon ou très bon état sur deux plans d'eau : l'étang d'Entressen (état mauvais) et le lac de Chaillexon (état moyen). Les concentrations mesurées en phosphore total sur l'étang d'Entressen sont élevées sur toutes les campagnes, aussi bien sur l'échantillon de fond que sur l'échantillon intégré de zone euphotique. L'historique des résultats présentés ci-dessus indique que cette situation dégradée perdure sur ce plan d'eau depuis le début des suivis effectués dans le cadre du programme de surveillance illustrant à la fois l'importance de la charge en phosphore du plan d'eau et la biodisponibilité de cet élément. Cela constitue des conditions favorables à de forts développements phytoplanctoniques, l'élément nutritif essentiel à leur croissance n'étant pas limitant (Cf. partie traitant du phytoplancton).
Le lac de Chaillexon présente également des concentrations relativement élevées conduisant à un classement en état moyen pour ce paramètre, comme lors de certains suivis précédemment réalisés. Ce résultat est cependant à considérer avec précaution car potentiellement surévalué puisque ne prenant en compte que 3 campagnes de prélèvements, la campagne de fin juillet (période reflétant souvent une altération marquée de la qualité physco-chimique des eaux) n'ayant pas pu être effectuée en raison du marnage important du plan d'eau, ne permettant pas la mise à l'eau d'une embarcation (Cf. partie traitant da la localisation des plans d'eau suivis et de la complétude des opérations menées en 2022).
Il convient de relever également que la valeur médiane en phosphore total obtenue sur l'étang de Montaubry correspond au seuil de basculement entre les classes de bon état et d'état moyen, exprimant ainsi une charge notable en phosphore dans ce plan d'eau. Les quantifications de Ptot et PO4 sont systématiques et les concentrations observées en profondeur restent très élevées sur les 3 campagnes estivales, signe de l'accumulation de matière organique dans les couches profondes et d'un processus actif de relargage sédimentaire du fait des conditions anoxiques.
Le paramètre transparence est classé en état inférieur à bon pour cinq plans d'eau. Les deux plans d'eau en continuité sur le Doubs (Chaillexon et Châtelot), la retenue de Charmines-Moux sur l'Oignin et la retenue de Puyvalador, sur le plateau pyrénéen du Capcir, dans la haute vallée de l'Aude, sont tous les 4 classés en état moyen pour ce paramètre. L'étang d'Entressen est quant à lui classé en état mauvais, comme lors des cinq suivis annuels antérieurs. La très faible transparence des eaux est ici expliquée par l'importance des développements algaux observés durant la période estivale (Cf. partie traitant du phytoplancton). Le phosphore est abondamment présent sur ce plan d'eau et la croissance algale n'est donc pas limitée par sa disponibilité.
Le paramètre transparence n'est pas pris en compte sur tous les plans d'eau (exception locale : Ex. Loc. dans le tableau), les faibles valeurs parfois obtenues étant influencées par d'autres facteurs (turbidité naturelle) et n'illustrent pas nécessairement une altération de l'état du milieu (cf. relation phytoplancton/transparence abordée dans la partie phytoplancton).