Certaines stations sont déclassées -c'est à dire qu'elles n’atteignent pas le bon état- à cause de concentrations excessives en nutriments.
La figure ci-dessous présente les paramètres qui sont à l’origine de ce déclassement.
Le phosphore (orthophosphates et phosphore total) est responsable du déclassement de plus des deux tiers (68.1 %) des stations en état moyen à mauvais. Le phosphore provient d’une part des rejets de stations d’épuration qui traitent insuffisamment ce paramètre, et d’autre part des engrais agricoles.
Les paramètres ammonium (NH4+) et nitrites (NO2-) sont, respectivement dans 13.3 % et 14.8 % des cas, responsables du déclassement des stations dont l’état n’est pas bon : ces paramètres sont principalement issus d’une insuffisance des systèmes épuratoires.
Les nitrates (NO3-) sont un indicateur de pollution essentiellement agricole. En 2023, ce type de pollution est principalement cantonné au sud-ouest du bassin : sur les 16 stations présentant des concentrations excessives en nitrates, 9 sont situées dans le département de l'Aude. Toutes ces stations appartiennent au contrôle opérationnel.