L'étang de Montaubry présente de loin la plus forte concentration observée en ammonium en 2019 dans les eaux de fond (3,9 mg(NH4)/l). Ce même plan d'eau présente également une concentration atteignant 0.45 mg(NH4)/l sur l'échantillon intégré de la même campagne de prélèvements (16/09/2019). Les valeurs obtenues sur les échantillons de fond de la retenue du Châtelot (0.39 mg(NH4)/l) et du lac de Chaillexon (0.32 mg(NH4)/l) sont également élevées.
L'ammoniac, surtout sous sa forme non ionisée (NH3), est très toxique pour l'ichtyofaune. La proportion des formes ionisées (NH4) et non ionisées (NH3) dépend de nombreux facteurs, dont la concentration en oxygène dissous, le pH et la température. Ainsi à un pH supérieur à 8-8,5, la forme non ionisée devient prépondérante, de même qu'à des températures élevées. L'altération de la qualité physico-chimique de l'hypolimnion peut ainsi conduire à réduire de manière importante le volume utile à la vie piscicole et entraîner une dégradation du peuplement, les espèces les plus exigeantes ne trouvant plus les conditions propices à leur survie.
Ces traitements ont pris en compte une valeur égale à la limite de quantification divisée par 2 lorsque le paramètre recherché n'était pas quantifié.