La retenue de Figari présente la plus forte concentration observée en ammonium en 2018 dans les eaux de fond (1,1 mg(NH4)/l). Les valeurs obtenues sur Petichet (0.73), Laprade-Basse (0.56), Ilay (0.38) et Pradeilles (0.35) sont également non négligeables. Ces plans d'eau font partie de ceux présentant les classes d'état les plus altérées du paramètre "Bilan de l'oxygène".
L'ammoniac, surtout sous sa forme non ionisée (NH3), est très toxique pour l'ichtyofaune. La proportion des formes ionisées (NH4) et non ionisées (NH3) dépend de nombreux facteurs, dont la concentration en oxygène dissous, le pH et la température. Ainsi à un pH supérieur à 8-8,5, la forme non ionisée devient prépondérante, de même qu'à des températures élevées. L'altération de la qualité physico-chimique de l'hypolimnion peut ainsi conduire à réduire de manière importante le volume utile à la vie piscicole et entraîner une dégradation du peuplement, les espèces les plus exigentes ne trouvant plus les conditions propices à leur survie.
Ces traitements ont pris en compte une valeur égale à la limite de quantification divisée par 2 lorsque le paramètre recherché n'était pas quantifié.