Dans les bassins Rhône-Méditerranée et de Corse, les masses d’eau de transition correspondent aux lagunes côtières (les étangs littoraux comme Thau, Berre, l'Or, ou Biguglia et Diana en Corse) ainsi qu'au delta et aux deux bras du Rhône. Ces milieux de transition, situés à l'interface entre la terre et la mer, sont peu profonds, confinés, et soumis à de fortes variations de salinité et de température. Leurs caractéristiques écologiques et les méthodes pour les évaluer diffèrent de celles des eaux côtières. Le bassin Rhône-Méditerranée compte 27 masses d'eau de transition, et le bassin de Corse 4.
Le confinement naturel des lagunes oblige à adapter les indicateurs biologiques :
• Le phytoplancton
Le phytoplancton : dans ces milieux fermés, le phytoplancton réagit massivement au moindre excès de nutriments apportés par les bassins versants. Ces micro-algues en suspension sont le premier signal d'alerte face à un excès d'apport en nutriment d'origine domestique ou agricole (eutrophisation). On mesure leur concentration (biomasse) pour anticiper les "blooms" algaux et les problèmes d'asphyxie du milieu que cela peut entraîner.
• Les macrophytes
Herbier de zosteres - Etang de Berre - GIPREB
On évalue la présence de plantes à fleurs tolérantes aux variations de sel (les herbiers de zostères, signe de bonne santé) et l'abondance d'algues opportunistes (comme les ulves, qui prolifèrent quand le milieu est dégradé).
• En complément, la surveillance des milieux lagunaires porte aussi sur les éléments physico-chimiques (oxygène, température, nutriments, transparence de l’eau).
Carte de l'état écologique des masses d'eau de transition (données 2023-2025)
Etat écologique, état des différents éléments de qualité et état chimique.
| Libellé | ETAT ECOLOGIQUE | Nutriments | Phytoplancton | Macrophytes | ETAT CHIMIQUE | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Code masse d'eau | ||||||
| FRDT01 | Canet | 5 | 5 | 4 | 5 | 1 |
| FRDT02 | Salses-Leucate | 2 | 1 | 1 | 2 | 1 |
| FRDT03 | Etang de La Palme | 4 | 4 | 1 | 2 | 1 |
| FRDT04 | Complexe du Narbonnais Bages - Sigean | 2 | 1 | 2 | 2 | 1 |
| FRDT05a | Complexe du Narbonnais Ayrolle | 1 | 1 | 1 | NS | 1 |
| FRDT05b | Complexe du Narbonnais Campignol | 5 | 5 | 4 | 3 | 1 |
| FRDT06a | Complexe du Narbonnais Gruissan | 3 | 1 | 1 | 3 | 1 |
| FRDT06b | Complexe du Narbonnais Grazel/Mateille | 3 | NS | NS | NS | 1 |
| FRDT07 | Pissevache | 2 | NS | NS | NS | 1 |
| FRDT08 | Vendres | 5 | 5 | 5 | 4 | 1 |
| FRDT09 | Grand Bagnas | 5 | 5 | 5 | 3 | 1 |
| FRDT10 | Etang de Thau | 3 | 1 | 1 | 3 | 1 |
| FRDT11a | Etang de l'Or | 5 | 5 | 5 | 5 | 1 |
| FRDT11b | Etangs Palavasiens Est | 5 | 3 | 5 | 4 | 5 |
| FRDT11c | Etangs Palavasiens Ouest | 3 | 2 | 2 | 3 | 1 |
| FRDT12 | Etang du Ponant | 4 | 3 | 4 | 4 | 1 |
| FRDT13c | Petite Camargue Médart | 4 | NS | NS | NS | 1 |
| FRDT13e | Petite Camargue Marette | 5 | 5 | 5 | 5 | 1 |
| FRDT13h | Petite Camargue Scamandre- Charnier | 5 | 5 | 5 | 4 | 1 |
| FRDT14a | Camargue Complexe Vaccarès | 5 | 4 | 2 | 5 | 1 |
| FRDT14c | Camargue La Palissade | 3 | 5 | 2 | 2 | 1 |
| FRDT15a | Etang de Berre Grand Etang | 4 | 1 | 2 | 4 | 1 |
| FRDT15b | Etang de Berre Vaïne | 3 | 2 | 2 | 3 | 1 |
| FRDT15c | Etang de Berre Bolmon | 5 | 5 | 5 | 5 | 1 |
| FRDT19 | Petit Rhône du pont de Sylveréal à la méditerranée | 2 | NS | NS | NS | 1 |
| FRDT20 | Grand Rhône du seuil de Terrin à la méditerranée | 2 | NS | NS | NS | 1 |
| FRDT21 | Delta du Rhône | 2 | NS | 1 | NP | 1 |
| FRET01 | Etang de Biguglia | 3 | 2 | 3 | 3 | 1 |
| FRET02 | Etang de Diana | 3 | 1 | 2 | 3 | 1 |
| FRET03 | Etang d'Urbino | 3 | 1 | 1 | 3 | 1 |
| FRET04 | Etang de Palu | 3 | 2 | 3 | 3 | 1 |
A l’image des eaux côtières, les lagunes du bassin Rhône Méditerranée présentent une situation contrastée avec celles du bassin de la Corse.
Le littoral continental concentre un chapelet exceptionnel de lagunes, mais celles-ci ont historiquement souffert de pressions colossales.
Jusqu'aux années 1990-2000, les apports excessifs en azote et en phosphore (agriculture et rejets urbains) ont provoqué une grave eutrophisation de la plupart des lagunes (Étang de Berre, complexe palavasien).
Cela s'est traduit par des efflorescences massives de phytoplancton et d'ulves, entraînant des "crises anoxiques" mortelles pour les organismes aquatiques (poissons et arthropodes). Ce phénomène est appelé localement la malaïgue.
Depuis deux décennies, des efforts d'assainissement sur les bassins versants ont drastiquement réduit les apports nutritifs.
Les lagunes continentales sont aujourd'hui dans une phase d'oligotrophisation, c'est à dire un retour à des eaux moins riches en nutriments.
Si certaines masses d'eau restent dans un état "moyen" ou "médiocre" en raison de la lenteur de récupération du milieu, on observe le retour progressif des herbiers de zostères, signe d'une eau plus claire et de meilleure qualité.
Les lagunes corses (Biguglia, Diana, Urbino, Palo) présentent des dynamiques différentes, bien qu'elles partagent la fragilité inhérente aux milieux confinés.
Leur état général est bien meilleur. Les pressions urbaines et agricoles sur les bassins versants y sont globalement moindres que sur le continent.
La qualité physico-chimique de l'eau y est souvent classée en "bon" voire "très bon" état.
Les efforts engagés depuis des décennies pour améliorer l’état des lagunes ont permis d’améliorer l’état général de ces masses d’eau. Aujourd'hui, l'atteinte du bon état de ces milieux est principalement menacée par le réchauffement climatique. Leur faible profondeur entraîne des hausses de température estivale très marquées, diminuant l'oxygène dissous et menaçant l'équilibre biologique, même en l'absence de pollutions terrestres.