Les marqueurs de désoxygénation de l'hypolimnion : fer, manganèse.¶
Les analyses effectuées sur les eaux des prélèvements intégrés et de fond révèlent ainsi des écarts de concentrations en fer et/ou manganèse parfois très importants entre les eaux de surface et les eaux de fond.
La retenue de Devesset, le lac de l'Entonnoir, le lac des Rousses, ainsi que la retenue de Champagney présentent ainsi des valeurs élevées mesurées en profondeur : jusqu'à 332 µg/l en manganèse (Champagney) et 3 010 µg/l de fer (Devesset) en profondeur.
Ces éléments traces métalliques sont naturellement présents dans les eaux et leur niveau de représentation dans l'eau va dépendre de la géologie des terrains traversés, des processus intervenus depuis la formation des sols et des éventuelles pollutions. Les processus physico-chimiques et biologiques, les caractéristiques du milieu aquatique (richesse en éléments minéraux et organiques,...) vont influer sur les concentrations observées.
Ces paramètres font généralement l'objet d'une attention particulière sur les ressources en eau destinées à l'alimentation en eau potable du fait des différents problèmes qu'ils engendrent (problèmes organoleptiques : goût métallique et coloration de l'eau, diminution de l'efficacité de la désinfection, corrosion ou colmatage des ouvrages de distribution).