L’Indice Poissons Rivières (IPR) ne s’applique pas dans sa version actuelle en Corse. Ces stations sont donc exclues de l’analyse. Par rapport aux années précédentes, une expertise des stations posant problème dans l’interprétation des données sur certains types de cours d’eau a permis de limiter le nombre de stations pour lesquelles l’IPR n’est pas appliqué sur le bassin Rhône-Méditerranée et donc auxquelles on attribue l'état indéterminé. Ainsi sur 349 stations échantillonnées, seules 24 stations ont une qualité piscicole apparaissant comme « indéterminée ».
Une qualité des peuplements piscicoles relativement stable.
Cet indicateur souligne toujours des modifications hydromorphologiques souvent à l’origine du risque de non atteinte des objectifs environnementaux.
Sur le réseau de contrôle de surveillance, représentatif de la qualité du bassin, 44.2 % des stations présentent un état « bon » à « très bon ». Ces états sont principalement observés sur des secteurs de piedmont et de tête de bassin, en amont des plaines anthropisées. Les états « moyen » à « mauvais » sont quant à eux plus fréquemment rencontrés dans la plaine de Saône, ainsi qu’à l’aval des cours d’eau côtiers du Languedoc et du Roussillon, où l’état physico-chimique est souvent dégradé. Mais on les observe aussi sur des cours d’eau modifiés physiquement et/ou dont le régime hydrologique naturel est altéré :
- sur les stations proches des grands aménagements hydroélectriques portant atteinte à la continuité écologique, ou entravant certaines phases vitales (reproduction notamment) d’espèces sensibles en cas d’éclusées ;
- sur des stations assez fortement urbanisées où des aménagements limitent ou empêchent les crues « juste débordantes », perturbent les possibilités de reproduction de certaines espèces et restreignent la diversité des habitats ;
- sur des stations situées dans des secteurs ayant subi historiquement des modifications hydromorphologiques (curages, recalibrages, rectifications…) perturbant le fonctionnement écologique des cours d’eau. C’est le cas notamment de nombreux cours d’eau de plaine comme la Saône et ses affluents (Reyssouze (01) par exemple) ;
- sur des stations au déficit hydrique naturel souvent accentué par des pompages d’usages divers (plaine de Valence, secteurs Méditerranéens par exemple).
Si l’image de la qualité des milieux donnée par les poissons est globalement stable dans le temps, une quinzaine de stations montrent un gain de plusieurs classes de qualité entre 2010 et 2019. C’est le cas par exemple de Arc à l’aval d’Aix-en-Provence (13) , ou de l'Ouche à Echenon (21) où l’amélioration de la qualité de l’eau et des conditions hydromorphologiques a permis la recolonisation de ces cours d’eau par des espèces plus sensibles à la pollution.