Les paramètres à l'origine du déclassement des stations qui n'atteignent pas leurs objectifs environnementaux vis à vis des nutriments sont présentés sur la figure ci-dessous.
Les paramètres ammonium (NH4+) et nitrites (NO2-) sont, respectivement dans 15 % et 17 % des cas, responsables du déclassement des stations dont l’état n’est pas bon : ces paramètres sont principalement issus d’une insuffisance des systèmes épuratoires.
Le phosphore (orthophosphates et phosphore total) est, quant à lui, responsable du déclassement des deux tiers des stations en état moyen à mauvais. Le phosphore provient d’une part des rejets des stations d’épuration et souligne alors un traitement insuffisant de ce paramètre, et d’autre part des engrais agricoles.
Les nitrates sont un indicateur de pollution essentiellement agricole. Ce type de pollution est presque exclusivement cantonné à la vallée de la Saône et au sud-ouest du bassin : sur les 13 stations présentant des concentrations excessives en nitrates, 4 sont situées dans l'Ain et la Saône et Loire, et 7 dans le département de l'Aude.