Les macrophytes sont des végétaux supérieurs vivant totalement ou en partie immergés dans les cours d’eau. Ils regroupent une grande variété taxonomique de végétaux (algues, bryophytes, phanérogames…) et, par leur présence permanente au sein du cours d’eau, permettent d’en apprécier le niveau de trophie (principalement teneur en ammonium, orthophosphates et pollution organique) ainsi que quelques caractéristiques physiques (intensité de l’éclairement, écoulement). La liste des végétaux relevés sur un site est traduite en indice dit IBMR (Indice Biologique Macrophytique en Rivière) noté de 0 à 20. Le suivi macrophytique est effectué sur le Réseau de Référence Pérenne à raison d’un relevé par an et sur le Réseau de Contrôle de Surveillance une année sur deux. Les macrophytes n'étant pas suivis spécifiquement sur les stations du contrôle opérationnel, les graphes correspondant aux stations du contrôle opérationnel sont issus des résultats acquis sur les stations du contrôle de surveillance et qui appartiennent également au contrôle opérationnel. Les macrophytes n'étant pas un indicateur pertinent en zone de montagne, les stations de l’hydroécorégion Alpes internes (HER 2) sont exclues du suivi.
Les macrophytes, sensibles à la pollution organique et aux pressions hydromorphologiques.¶
L’état indiqué ci-dessous est issu de la moyenne des indices sur une période de 3 ans (2017-2018-2019). Sur le bassin Rhône-Méditerranée, 74.4 % des stations du réseau de contrôle de surveillance sont classées en bon ou très bon état pour cet élément de qualité. Pour la Corse, cette valeur est de 90 %.
Le bassin de la Saône présente la plus grande densité de stations mal classées. C'est l'un des secteurs du bassin Rhône-Méditerranée le plus soumis aux pressions par les matières organiques et/ou les nutriments (azote, phosphore), mais aussi à de nombreuses pressions d'ordre hydromorphologique.
Les 2 stations classées en mauvais état sur la période sont :