Le peuplement piscicole des plans d'eau est évalué au travers de l'Indice Ichtyofaune Lacustre (IIL). Cet indice multimétrique repose sur l'utilisation de certaines données acquises par échantillonnage à l'aide de filets maillants multimailles (NF EN 14757).
Cette méthode normalisée consiste à effectuer un échantillonnage aléatoire au sein de chacune des strates de profondeur du plan d'eau. Le nombre de filets à poser est fonction de la superficie du plan d'eau et de sa profondeur maximale (chaque filet maillant mesure 30 m de long, 1,5 m de profondeur pour les filets benthiques à généralement 6m de profondeur pour les filets pélagiques et comporte 12 dimensions différentes de mailles). Les filets sont généralement mis en place avant le crépuscule (18-20 h) et relevés 2 à 3 h après le lever du soleil.
Les poissons capturés sont ensuites identifiés, dénombrés, mesurés et pesés. L'IIL utilise trois caractéristiques du peuplement piscicole (l'abondance totale, la biomasse totale et l'abondance d'individus omnivore).
Les valeurs observées de ces métriques sont ainsi comparées aux valeurs théoriques en l'absence d'eutrophisation. L'IIL rend ainsi compte de l'écart entre ces deux situations et du niveau d'altération du peuplement. Il ne s'applique qu'aux lacs naturels.
Les valeurs IIL disponibles pour les plans d'eau suivis en 2018
Indices calculés avec le SEEE (V1.0.3) et à partir des données fournies par AFB/IRSTEA
L'IIL s'applique aux seuls plans d'eau naturels. Ainsi le tableau ci-dessus ne liste que les plans d'eau naturels où cet indice a pu être déterminé. L'ensemble des plans d'eau où l'élément de qualité ichtyofaune est pertinent (plans d'eau naturels et d'origine anthropique visés par l'arrêté "Surveillance") fait cependant l'objet d'un suivi piscicole.
Le suivi piscicole est réalisé par l'AFB. L'année d'échantillonnage piscicole est généralement calée sur le suivi des autres éléments de qualité mais il existe parfois un décalage entre ces suivis. Par ailleurs, la fréquence du suivi piscicole (tous les 6 ans) n'étant pas identique à celle des autres éléments de qualité en ce qui concerne les plans d'eau du contrôle opérationnel (suivis tous les 3 ans), tous les résultats ne sont donc pas nécessairement obtenus la même année de suivi. Le tableau ci-dessus reprend les résultats piscicoles disponibles pour les plans d'eau suivis, pour les autres éléments de qualité, par l'agence de l'eau en 2018.
D'après les données les plus récentes à disposition, seul le lac de Clairvaux et les lacs de référence (Etival, Grand-Maclu) atteignent le bon état pour l'élément de qualité poisson.
Un plan d'eau est classé en état moyen, il s'agit du lac de Remoray. D'après l'interprétation piscicole dressée par l'AFB, le peuplement semble montrer des signes d’amélioration par rapport à la constante régression observée lors des campagnes précédentes (équilibre proie prédateur, recrutement des corégones, structuration de la population de rotengle, recrutement en gardon).
Deux plans d'eau sont classés en état médiocre selon les seuils de l'arrêté "Evaluation" de 2015 : Ilay et Petichet. Ce constat paraît cependant sévère puisque l'application des seuils ajustés suite à l'intercalibration européenne (seuils repris dans l'arrêté "Evaluation" de 2018) conduirait à classer ces plans d'eau en état moyen.
Concernant le lac de Petichet, l'étude du peuplement semble indiquer une réussite aléatoire de la reproduction selon les années pour certaines espèces, indicateur de perturbation (variation du niveau d'eau ?).
La valeur obtenue en 2016 sur le lac d'Ilay a été qualifiée d'incertaine, jugée incohérente avec la connaissance pisicicole du milieu et en décalage marqué avec les résultats obtenus sur les autres indicateurs et par rapport au précédent suivi piscicole de 2009 qui conduisait à un bon état de ce compartiment. Il convient de noter également des périodes d'échantillonnages différentes (juin en 2009 et octobre en 2016) ce qui peut conduire a une structuration du peuplement différente selon les suivis et rend difficile la comparaison des résultats.
Le lac de Saint-Point est quant à lui classé en mauvais état sur les deux suivis réalisés (2009 et 2015). Selon l'interprétation réalisée par l'AFB, le peuplement piscicole du lac de St Point affiche toujours une diversité incomplète vis-à-vis du potentiel d’espèces autrefois capturées. Les espèces sensibles à la qualité du milieu (eau et habitat) sont, soit absentes, soit en abondance très déficitaire (vairon, vandoise, truite de lac, goujon, brochet). La population de corégone présente également une tendance à la diminution.