Les macrophytes regroupent l'ensemble des végétaux aquatiques visibles à l'oeil nu. Ils sont étudiés au niveau de plusieurs unités d'observations (UO) positionnées sur les différents types de rives du plan d'eau afin de disposer d'une image représentative du peuplement macrophytique. Le nombre d'UO étudiées est fonction de la superficie du plan d'eau : généralement de 3 à 8 UO par plan d'eau. Sur chaque UO, deux types de relevés floristiques sont réalisés :
Un relevé de la zone littorale permettant d'inventorier la zone peu profonde du plan d'eau : il correspond à la prospection d'une bande de 100 mètres de long, parallèle à la rive et pouvant s'étendre jusqu'à 1 mètre de profondeur ;
Trois profils perpendiculaires à la rive, distants de 50 mètres chacuns, de minimum 20 m et maximum 100 m de long où sont effectuées 30 recherches de macrophytes (points contacts) réparties de manière régulière le long des transects. Ces profils permettent d'étudier la zone profonde du plan d'eau, abritant les espèces purement aquatiques.
Cette méthode d'échantillonnage correspond à l'application de la norme XP T90-328 et s'applique aux plans d'eau faiblement marnants (inférieur à 2 m de marnage).
L'évaluation de cet élément de qualité repose sur l'Indice Biologique Macrophytique en Lac (IBML) constitué à ce jour d'une métrique : la note de trophie. Il renseigne donc sur le niveau trophique du plan d'eau et sur les apports d'éléments nutritifs au plan d'eau.
Les valeurs IBML de 2018 et des suivis antérieurs
MEA : Masse d'Eau Artificielle.
Indices calculés avec le SEEE (V1.0.1)
L'IBML s'applique aussi bien aux plans d'eau naturels qu'aux plans d'eau d'origine anthropique (où cet élément de qualité est pertinent). Cependant, les valeurs obtenues sur les plans d'eau d'origine anthropique (cas du plan d'eau du Réaltor et du Grand-Large en ce qui concerne le suivi 2018) ne sont pas utilisées pour évaluer le potentiel écologique des MEA/MEFM, selon les dispositions de l'arrêté "Evaluation" de juillet 2015 (outil complémentaire de diagnostic).
Les relevés effectués sur le lac du Grand-Maclu n'ont pas permis de calculer un indice IBML du fait d'un nombre de taxon indicateur insuffisant. Une régresion notable des characées est identifiée sur ce plan d'eau par rapport aux suivis antérieurs. Le rapport d'étude consultable sur le SIE indique que "la faible représentation des hydrophytes pourrait aller dans le sens d’une faible production en liaison avec des teneurs en nutriments peu importantes mais d’autres facteurs peuvent interagir sur le développement de la végétation telle la turbidité générée par la houle au niveau de la beine lacustre."
Sur les 7 lacs naturels ayant fait l'objet d'un suivi macrophytes et où un indice est calculable, cinq affichent un état macrophytes bon à très bon.
Le lac de Pradeilles, localisé dans le PNR des Pyrénées Catalanes et le lac d' Etival, situé dans le PNR du Haut-Jura, sont respectivement classés en très bon état et en bon état. Ils sont suivis en 2018 au titre de lacs de "référence". Le lac de Pradeilles abrite de nombreuses espèces indicatrices de milieux de référence ainsi que plusieurs espèces protégées ou patrimoniales (Isoète des lacs, Isoète à spores spinuleuses, Myriophylle à feuilles alternes, Subulaire aquatique). Le lac d'Etival affiche de nouveau un bon état pour l'élément de qualité macrophytes en 2018 mais il faut cependant noter la régression apparente des herbiers à characées sur ce plan d'eau.
Les lacs de Clairvaux et Ilay dans le Jura et de Remoray dans le Doubs sont tous les trois classés en bon état macrophytes et la consultation de l'historique des valeurs IBML conforte la classe d'état qui leur est attribuée en 2018.
Les deux autres lacs naturels suivis en 2018 sur le compartiement macrophytes sont classés en état moyen pour cet élément de qualité biologique. Il s'agit des lacs de Saint-Point dans le Doubs et du lac de Petichet en Isère. Pour ces deux plans d'eau, la consultation des valeurs IBML antérieures et le fait que la valeur de l'indice obtenue en 2018 est assez proche du seuil faisant basculer de l'état moyen à bon (0.6) conduiraient à situer l'état macrophyte de ces deux plans d'eau en limite des états bon et moyen.
Les deux plans d'eau anthropiques affichent également un état moyen pour l'élément de qualité macrophytes. Le bassin du Réaltor s'illustre par une valeur d'indice en constante progression sur les 4 suivis réalisés, mais qui reste indicateur d'un niveau de trophie marqué (état moyen). Cette tendance devra être confirmée par les prochains suivis. L'indice IBML obtenu sur le bassin du Grand-Large, adossé au canal de Jonage, dans la métropole de Lyon, indique aussi un niveau de trophie assez élevé. Ce plan d'eau se caractérise par un recouvrement en macrophytes quasi total. Des herbiers très denses sont ainsi observés, principalement constitués de Myriophylle en épi, de cératophylle épineux et de Nitellopsis obtusa.

Potamot à feuilles de graminées